В соответствии с п. 1 ст. 169 Налогового кодекса Российской Федерации счет-фактура может быть составлен и выставлен на бумажном носителе и (или) в электронной форме. При этом счета-фактуры составляются в электронной форме по взаимному согласию сторон сделки и при наличии у указанных сторон совместимых технических средств и возможностей для приема и обработки этих счетов-фактур в соответствии с установленными форматами и порядком.

Пунктом 4 разд. II Приложения N 3, утвержденного Постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 N 1137, установлено, что, в случае если покупатель не получил от продавца счет-фактуру в электронном виде, допускается составление продавцом такого счета-фактуры на бумажном носителе.

Таким образом, наличие между сторонами сделки соглашения об электронном документообороте в части счетов-фактур не препятствует выставлению счетов-фактур на бумажном носителе.

Основание: ПИСЬМО МИНФИНА РФ от 12 сентября 2013 г. N 03-07-09/37682